四只生活在纽约下水道里的小乌龟因为有毒的放射性物质的污染，开始向他们接触最多的物种--人类“进化”，并在鼠师傅斯普林特的谆谆教导下，变成了四个最可爱、最善良、最勇敢的绿壳英雄！ 第一次走出秘密栖身的下水道，这些忍者兄弟就将面对一个奇妙又危机四伏的世界——大都市纽约。敌人比以往更强大，忍者龟们对比萨饼的热爱有增无减，他们的忍术日臻完美，搞笑功力也更有长进！本片展示了四个少年忍者神龟兄弟的传奇经历，讲述他们学会相信自己、信赖他人。经过一场场惊心动魄又笑料频出的战斗，忍者神龟揭开自己的身世之谜，并在此过程中成长成为自己心目中的英雄。