该剧是以单元的剧式对狄仁杰侦破案件的故事进行全新的揭秘与解读，讲述了破获以情花案和金人案为代表的一连串谜案的故事。唐武周时代的一年春天，扬州琼花观天下独有的琼花突然枯而复荣，而且竟然绽放出血色花朵，一时间人心惶惶，谣诼纷起，且矛头直指国体，威胁到朝政安全。为此，大周皇帝武则天特派太子李旦前往镇抚，不料李旦却于抵达扬州后神秘地失踪了。大案惊天，狄仁杰奉旨前往扬州调查，几经坎坷勘破重重迷雾，与助手李元芳深入虎穴，舍生忘死，与齐聚扬州的三教九流各色人等，特别是以刺史窦天德与名士宇文驰为代表的阴谋势力，展开了扑朔迷离、诡谲凶险的智勇比拼与角逐，破获了以《琼花案》和《金人案》为代表的一连串古怪离奇的谜案，不断使犯罪者落入法网，并最终成功地粉碎了反叛势力企图制造混乱、颠覆朝廷的巨大阴谋，迎回太子，制止了动乱，剧情跌宕起伏。